纳米抗体（Nanobody）体积小、稳定性高、可穿透血脑屏障，是抗体药物研发的前沿方向。实验室构建了「数据 → 模型 → 筛选」的完整计算设计链条：

🔹 蛋白质大模型驱动的抗体优化 —— 基于 ESM3 的基序引导算法优化 CDR3 区并提升人源化水平（ISBRA 2026, CCF-C）；蛋白质大语言模型直接构建纳米抗体文库（Frontiers in Chemistry, 2025）。

🔹 抗体-抗原结合机制解析 —— 门控低秩记忆模型 Paratope-GLoMe 预测结合面（ISBRA 2026, CCF-C）；预训练 RoBERTa 模型 NanoBERTa-ASP 预测 paratope（BMC Bioinformatics, 2024）。

🔹 平台与数据库 —— 自研 NanoLAS / NanoLAS 2.0 一站式平台（Database 2024；IEEE BIBM 2025, CCF-B），集数据整合、可视化与分子对接仿真于一体。

🔹 面向病原体的计算机辅助筛选 —— 新型冠状病毒纳米抗体的计算筛选与稳定构象优化（Pharmaceuticals, 2024，中科院药学二区）。

蛋白质语言模型（pLM）是 AI for Science 的核心引擎，但其「黑箱」特性限制了在高可信场景的应用。实验室从表征解析与失效诊断切入，让模型的能力变得可度量、可解释、可交付：

🔹 表征几何与功能读出 —— FSDR 谱分析框架统一刻画冻结 pLM 嵌入的几何结构与功能信息分布（IEEE BIBM 2026, CCF-B, short paper）。

🔹 编码失效诊断与临床解析 —— LayerDx 系统定位 pLM 编码失效的层级来源，并据此构建 EnzymeDx，实现临床级酶变异功能解析（IEEE BIBM 2026, CCF-B, regular paper）。

🔹 器官级细胞图谱 —— 参与构建人类健康与损伤肾脏的器官级单细胞图谱，负责 SNARE-seq 数据的 Snakemake 分析流水线，属国际 KPMP 大科学计划核心成果，发表于 Nature（2023, 619: 585–594）。

🔹 转录组定量新方法 —— 提出 spike-in 归一化策略，揭示单细胞 RNA-seq 中介导抗癌药物响应的全局转录活性动态（NAR Genomics and Bioinformatics, 2021）。

🔹 VR 分子交互 —— VisionMol：沉浸式蛋白分子结构可视化与操纵平台（Bioinformatics, 2025，CCF-A）。

🔹 脑机接口 —— K-Mamba：运动学先验门控 + Mamba 架构，在受控运动应力下实现紧凑型 EEG 情绪解码（IEEE BIBM 2026, CCF-B, short paper）。

🔹 基因数据安全 —— BioLedger：基于 Token 激励的联盟链基因数据安全共享框架（IEEE BIBM 2025，CCF-B）。

🔹 软件开发 —— 相关 VR/AR/MR 与 BCI 软件的研发（见 Lab News 与 GitHub）。